Die Isolation und Reinigung von RNA sind entscheidende Schritte in der Molekularbiologie, um die Genexpression zu untersuchen, RNA zu sequenzieren oder andere nachgelagerte Anwendungen durchzuführen. Einige gängige Methoden zur RNA-Isolation und -Reinigung sind:
- Phenol-Chloroform-Extraktion (TRIzol-Reagenz): Verwendet Phenol und Chloroform, um RNA von anderen Zellkomponenten zu trennen
- Silica-Membran-basierte Säulenreinigung: Verwendet Zentrifugationssäulen mit Silica-Membranen, um RNA zu binden und zu eluieren
- Magnetperlen-basierte Reinigung: Verwendet magnetische Perlen, die mit RNA-bindenden Molekülen beschichtet sind, für hohen Durchsatz und Automatisierung
- Ultrazentrifugation im Cesiumchlorid-Gradienten: Trennt RNA basierend auf der Dichte durch Ultrazentrifugation
Poly(A)-Selektion:
- Oligo(dT)-Cellulose-Chromatographie: Isoliert mRNA durch Bindung an ihren Poly(A)-Schwanz
- Magnetische Oligo(dT)-Perlen: Ähnlich wie Cellulose-Chromatographie, aber verwendet magnetische Perlen
- Lithiumchlorid-Präzipitation: Präzipitiert selektiv RNA mit hohem Molekulargewicht
- Enzymatische Verdauung (DNase-Behandlung): Entfernt DNA-Kontamination durch Verdauung der DNA mit DNase
Jede dieser Methoden hat ihre Vor- und Nachteile in Bezug auf Ertrag, Reinheit, Einfachheit und Eignung für verschiedene Arten von Proben und nachgelagerte Anwendungen. Die Wahl der Methode hängt oft von den spezifischen Anforderungen des Experiments und der Art der verarbeiteten Probe ab.