Bei der Einbettung werden die Gewebeproben in ihren Kassetten und das flüssige Einbettungsmaterial (z. B. Paraffin) in Formen eingelegt und aushärten gelassen. Die ausgehärteten Blöcke, die die Gewebeproben enthalten, sind dann zum Schneiden bereit. Die Einbettung kann auch mit gefrorenem, nicht fixiertem Gewebe in einem Medium auf Wasserbasis, in der Regel einem Glykol oder Harz auf Wasserbasis, erfolgen.

In der Schnittphase wird das Gewebe mit einem Mikrotom in sehr dünne Schnitte (3-5µm; 1000µm = 1mm) geschnitten. Diese Schnitte, die in der Regel dünner als die durchschnittliche Zelle sind, werden dann zur Färbung auf einen Glasträger gelegt. Gefrorenes Gewebe, das in ein Gefriermedium eingebettet ist, wird mit einem Mikrotom in einem Kryostaten geschnitten.

Routinefärbungen werden durchgeführt, um dem untersuchten Gewebe einen Kontrast zu verleihen. Hämatoxylin und Eosin (H und E) sind die in der Histologie am häufigsten verwendeten Färbemittel.

Hämatoxylin wird mit einem Metallbeizmittel, z. B. Aluminium, kombiniert, und der Hämatoxylin-Aluminium-Komplex wird verwendet, um Zellkerne blau/schwarz zu färben. Eosin ist die am häufigsten verwendete Gegenfärbung bei der Routinefärbung von Gewebeschnitten. Die beste Färbung mit Eosin erfolgt bei einem pH-Wert von 4,5 bis 5, und bei richtiger Anwendung lassen sich mehrere Rosatöne erzielen. Erythrozyten, Kollagen und das Zytoplasma von Epithel- oder Muskelzellen sollten bei Verwendung von Eosin in verschiedenen Rosatönen gefärbt werden. Nach der Färbung müssen die Schnitte zum Schutz des Präparats montiert werden, was die Verwendung von Eindeckmitteln und eines Deckglases erfordert.