Applied Biosystems™ TaqMan™ Copy Number Reference Assay, human, TERT

Description

Humane TaqMan™ Kopienzahl-Referenz-Assays werden mit humanen TaqMan™ Kopienzahl-Assays in einer Duplex-real-time PCR-Reaktion durchgeführt, um Variationen in der Kopienzahl (CNV) und kleinere Regionen im menschlichen Genom nachzuweisen und zu messen. Es gibt zwei Optionen für Gene, die als endogene Referenzgene beim Menschen genutzt werden können: RNase P und TERT. TaqMan™ Kopienzahl-Referenz-Assays sind für die Erfassung einzigartiger genomischer Sequenzen im Referenz-Genom ausgelegt (Build 37/hg19) und sind für die relative Quantifizierung von Zielsequenzen mit niedriger Kopienzahl erforderlich.

TaqMan™ Kopienzahl-Assays quantifizieren das Gen von Interesse und normieren auf ein endogenes Referenz-Gen, das bekanntermaßen in einem diploiden Genom in zwei Kopien vorliegt. Bitte beachten Sie, dass TaqMan™ Kopienzahl-Referenz-Assays artenspezifisch sind.

TERT: Die Option für alternative Referenz-Gene
TaqMan™ Kopienzahl-Referenz-Assays verfügen über eine VIC™ Farbstoff–markierte TAMRA™ Sonde und Sequenz–spezifische Vorwärts- und Rückwärts-Primer. Die Assays sind nicht Primer-begrenzt.

TaqMan™ Kopienzahl-Referenz-Assay RNase P Wird als Standard-Referenz-Assay für die Kopienzahlanalyse empfohlen. Dieser Assay erkennt das Ribonuklease P RNA-Komponente H1 (H1RNA) Gen (RPPH1) auf Chromosom 14, Zytoband 14q11.2. Die Assay-Lokalisierung ist Chr.14:20811565 auf NCBI Build 37. Es hat ein 87 bp-Amplicon, das sich innerhalb des einzelnen Exon RPPH1-Gens befindet.

TaqMan™ Kopienzahl-Referenz-Assay TERT ist ein alternatives Referenz-Assay. Es wird für den Fall empfohlen, dass das RNase P-Assay aufgrund von Chromosomenaberrationen oder anderen Problemen mangelhaft verläuft. Dieser Assay zielt auf das Telomerase-Reverse-Transkriptase-(TERT)-Gen auf Chromosom 5, Zytoband 5p15.33 ab. Die Assay-Lokalisierung ist Chr.5:1253373 auf NCBI Build 37. Es hat ein 88 bp-Amplicon, das sich innerhalb des Exon 16 des TERT-Gens befindet.

Der einfachste Arbeitsablauf für die Kopienzahl-Analyse
TaqMan™ Kopienzahl-Assays bieten den einfachsten Arbeitsablauf aller derzeit erhältlichen Kopienzahl-Analysemethoden. Der Test-Assay (FAM™ Farbstoff–markiert), der Referenz-Assay (VIC™ Farbstoff–markiert), Ihre Proben-DNA und TaqMan™ Master Mix werden kombiniert und laufen dann auf einem Applied Biosystems™ Echtzeit-PCR-System mit dem standardmäßigen TaqMan™ Kopienzahl-Assay-Protokoll. Im Durchschnitt dauert es von der Einrichtung bis zur primären Analyse nur 3 bis 4 Stunden (einschließlich ca. 2 Stunden PCR-Lauf).

Leistungsstarke Datenanalysesoftware
Die CopyCaller™ Software wurde speziell für die Datenanalyse beim TaqMan™ Kopienzahl-Assay entwickelt. Diese kostenlose, anwenderfreundliche Software nutzt eine graphische Benutzeroberfläche, die eine mögliche Kopienanzahl einer Probengruppe schnell und in einem Durchlauf berechnet. Sie gibt außerdem einen Konfidenzwert für jede Kopienzahl und hat eine Ausreißer-Funktion.

Nur für Forschungszwecke. Nicht für therapeutische oder diagnostische Zwecke bei Menschen und Tieren vorgesehen.