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Description
Die isolierte DNA ist für nachgelagerte Analysen mit Methoden wie PCR- oder qPCR-basierten Assays oder massive parallele DNA-Sequenzierung bereit. Chromatin-Immunpräzipitation (ChIP) ist eine leistungsstarke Technik zur Untersuchung der Assoziation bestimmter Proteine mit spezifischen Regionen des Genoms. Diese sequenzspezifischen, DNA-bindenden Proteine spielen offenbar eine Rolle bei zellulären Prozessen wie DNA-Replikation, -Rekombination, -Reparatur und -Segregation, chromosomaler Stabilität, Zellzyklusprogression und epigenetischem Silencing. Für einen standardmäßigen ChIP-Assay wird eine Zelle über Formaldehydbehandlung fixiert. Das Chromatin wird abgeschert und über einen hochspezifischen Antikörper immunpräzipitiert. Wissenschaftler analysieren dann die DNA zur Ermittlung der genomischen Regionen, in denen die Chromatin-assoziierten Proteine in vivo an das Chromatin binden. Bei Verwendung des MAGnify Systems werden Zellen oder Gewebe mit Formaldehyd behandelt, um Protein-Protein- und Protein-DNA-Quervernetzungen zwischen nahegelegenen Molekülen im Chromatinkomplex zu erzeugen. Die Zellen werden dann lysiert, und Chromatin wird aus den Kernen freigegeben und durch Ultraschall abgeschert zur Reduzierung der durchschnittlichen DNA-Fragmentgröße auf 200 bis 500 bp. Dieses dient der Analyse mit quantitativer Echtzeit-PCR (qPCR) oder 100 bis 300 bp für Analysen durch massive parallele DNA-Sequenzierung. Danach folgen Immunpräzipitation und Isolation der vernetzten Proteine von Interesse mit einem spezifischen ChIP-qualifizierten Antikörper, konjugiert an Dynabeads™ Protein A/G. Die Formaldehyd-Quervernetzung wird durch Wärmebehandlung umgekehrt, und die mit dem Protein assoziierte DNA kann aufgereinigt werden. Die DNA ist nun bereit für spätere Analysen, wie Endpunkt-PCR oder quantitative PCR (qPCR), genomweite Analysen mit Promoter-Tiling-Arrays oder Sequenzierung der nächsten Generation. Für PCR/qPCR-Analysen werden Primer so ausgelegt, dass sie die gewünschte DNA-Sequenz von Interesse umfassen, und die Daten zeigen, ob das spezifische Protein von Interesse in vivo mit dieser DNA-Region assoziiert ist.
- Empfindlich: Erzielen Sie Ergebnisse mit geringeren Probenmengen als bei herkömmlichen ChIP-Workflows erforderlich
- Schnell: Das Protokoll kann in einem einzigen Tag im Vergleich zu 2 bis 3 Tagen für den herkömmlichen ChIP-Assay abgeschlossen werden
Specifications
Specifications
| Inhalt und Lagerung | Modul 1 (auf nassem Eis geliefert, bei 4 °C lagern): • 2 × 1 ml Glycin (1,25 mol) • 250 µl Dynabeads™ Protein A/G (nicht einfrieren) • 1,4 ml Puffer für die reversible Vernetzung • 500 µl magnetische Beads für die DNA-Aufreinigung (nicht einfrieren) • 1,4 ml Puffer für die DNA-Aufreinigung • 200 µl Proteinase K (20 mg/ml) Modul 2 (auf nassem Eis geliefert, bei 4 °C lagern): • 10 ml IP-Puffer 1 • 7,5 ml IP-Puffer 2 • 8 ml DNA-Waschpuffer • 7,2 ml DNA-Elutionspuffer Modul 3 (auf Trockeneis geliefert, bei -20 °C lagern): • 100 µl Protease-Inhibitoren (200 x) • 15 µl Maus-IgG (1 µg/µl) • 15 µl Kaninchen-IgG (1 µg/µl) Modul (auf Trockeneis geliefert, bei -20 °C lagern): • 8 ml Verdünnungspuffer • 3,6 ml Lysepuffer |
| Hochdurchsatz-Kompatibilität | Geeignet für hohe Durchsätze |
| Probentyp | Zellkulturen, DNA (genomisch), lebende Zellen |
| Produktlinie | MAGnify |
| Menge | 1 Kit |
| Zur Verwendung mit (Anwendung) | Chromatin-Immunpräzipitation |
| Typ | Immunpräzipitationssystem |
| Ausreichend für | 24 Reaktionen |
Nur für Forschungszwecke. Nicht zur Verwendung bei diagnostischen Verfahren.
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