Ambion™ ERCC RNA-Spike-In-Gemisch

Variation der RNA-Expressionsdaten können auf verschiedene Faktoren zurückgeführt werden, einschließlich die Qualität des Ausgangsmaterials, das Niveau der Zellstruktur und RNA-Ertrags, die angewendete Plattform und die Person, die das Experiment durchführt. Um diese Variabilitätsquellen zu kontrollieren, wurde vom External RNA Controls Consortium (ERCC), einer Ad-hoc-Gruppe akademischer, privater und öffentlicher Organisationen unter der Schirmherrschaft des National Institute of Standards and Technology, ein gemeinsamer Satz externer RNA-Kontrollen entwickelt. NIST ). Diese Kontrollen umfassen einen Satz unmarkierter polyadenylierter Transkripte, die einem RNA-Analyse-Experiment nach der Probenisolierung hinzugefügt werden, um Messungen gemäß definierten Leistungskriterien durchzuführen. Bis zur Einführung solcher generell akzeptierten Kontrollen war es schwierig, eine gründliche Untersuchung der fundamentalen analytischen Leistungsmetrik durchzuführen. Von der vertrauenswürdigen Marke für hochwertige RNA-Reagenzien, Ambion™ ERCC Spike-In Control Mixes sind kommerziell erhältliche, vorformulierte Mischungen aus 92 Transkripten, die von NIST-zertifizierten DNA-Plasmiden abgeleitet und rückverfolgbar sind. Die Transkripte sind so konzipiert, dass sie 250 bis 2000 Nukleotide lang sind und damit natürliche eukaryotische mRNAs nachahmen.

Wichtigste Produktmerkmale:

Einen Standardmaßstab für den Datenvergleich in Genexpressions-Experimenten erreichen.

Messung der Empfindlichkeit (untere Nachweisgrenze) und des Dynamikbereichs eines Experiments

Quantifizierung

der differentiellen Genexpression Erschließung des Potenzials der RNA-Analyse
Die RNA-Analyse, einschließlich Genexpressionsprofilierung und Untersuchung des gesamten Transkriptoms, kann zu einem besseren Verständnis der Expressionsmuster bei Krankheitszuständen führen und liefert tiefere Einblicke in biologische Signalwege und molekulare Mechanismen, die das Zellschicksal, die Entwicklung und den Krankheitsverlauf regulieren. Die traditionellen Methoden für RNA-Analysen, wie z. B. qRT-PCR und Microarrays, haben sich bewährt, werden nun jedoch durch die nächste Generation der Sequenzierung, eine digitale Alternative mit hohem Durchsatz, ersetzt. Da jede Methode mehrere Plattformen umfasst und der Bedarf nach Vergleichen verschiedener Proben auf Plattformen in der ganzen Welt besteht, ist ein Standardmaß für Datenvergleiche erforderlich geworden. Mit zunehmenden Möglichkeiten der RNA-Analyse wird die Notwendigkeit, eine standardisierte Sichtweise auf die Daten zu schaffen, noch wichtiger.

Ergebnisse mit bestätigter Genauigkeit erzielen und vergleichen
Ambion™ ERCC RNA Spike-In-Kontrollen werden verwendet, um eine standardisierte Basislinienmessung der RNA sowohl innerhalb eines Experiments als auch über mehrere Experimente hinweg zu erstellen, die mit verschiedenen Proben und Plattformen durchgeführt werden. Mit zwei Spike-in-Gemischen (Abbildung 1) können verschiedene Messungen, wie z. B. die Empfindlichkeit und der dynamische Bereich, zur Bewertung verschiedener Parameter in einem Experiment oder bei mehreren Experimenten geprüft werden (Abbildung 2). Darüber hinaus können mit einem hohen Maß an Verlässlichkeit mittels hochkonkordanter Beziehung zwischen ExFold RNA Spike-In 1 und ExFold RNA Spike-In 2 Faltungsänderungs-Verhältnisse zwischen zwei Proben berechnet werden (Abbildung 3). Die Messungen werden anhand bekannter molarer Konzentrationen für jedes Transkript in einem Spike-in-Gemisch und durch Kombination der Verhältnisse von 4 unterschiedlichen Untergruppen der 92 Transkripte bestimmt. Die Kontrollen eignen sich ideal für Sequenzierungsexperimente der nächsten Generation, wie zum Beispiel bei SOLiD™ System und unterstützte Mikroarray-Plattformen wie die Illumina™ Sentrix™ BeadChip.

Wählen Sie aus flexiblen Optionen für ERCC-Kit-Konfigurationen, egal
ob Sie den dynamischen Bereich oder die Genexpressionsänderung messen, Ambion™ Die ERCC Spike-In Control Mixes sind in zwei Kit-Konfigurationen erhältlich, um Ihren experimentellen Anforderungen gerecht zu werden. Verwenden Sie ERCC Spike-In Mix, um den dynamischen Bereich und das untere Detektionslimit Ihrer Plattform zu bestimmen, und verwenden Sie ERCC ExFold Spike-In Gemische zur Beurteilung der Genauigkeit differentieller Genexpressionsmessungen.

	ERCC RNA Spike-In Mix 1*	ExFold Spike-In Mix 1*	ExFold Spike-In Mix 2*	Nuklease-freies Wasser
ERCC RNA Spike-In Mix (Kat.-Nr. 4456740)	10 μL	—	—	1,75 ml
ERCC ExFold RNA Spike-In Mixes (Kat.-Nr. 4456739)	—	10 μL	10 μL	1,75 ml

*Obwohl ERCC RNA Spike-In Mix 1 und ExFold Spike-In Mix 1 die gleiche Zusammensetzung an ERCC-Transkripten enthalten, sollte ERCC RNA Spike-In Mix 1 nicht anstelle von ExFold Spike-In Mix 1 für die Fold-Change-Bestimmung verwendet werden. Verwenden Sie ausschließlich ExFold Spike-In Mix 1 und Mix 2 mit der gleichen Herstellungslosnummer.

Nur für Forschungszwecke. Darf nicht für diagnostische Verfahren eingesetzt werden.