Ambion™ ERCC ExFold RNA-Spike-In-Gemische (Bestellnr.

Die ERCC ExFold RNA-Spike-In-Mixe bieten eine Reihe externer RNA-Kontrollen, die eine Leistungsbeurteilung einer Vielzahl von für Genexpressionsexperimente verwendeten Technologieplattformen ermöglichen. Fügen Sie jeder RNA-Probe einen Spike-In-Mix hinzu, und verarbeiten Sie die Spike-In-Mix-haltigen Proben auf Ihrer Plattform. Vergleichen Sie anschließend die Daten des Spike-In-Mix mit bekannten Konzentrationen und Verhältnissen, um den Dynamikbereich, die untere Nachweisgrenze und den Fold-Change Ihrer Plattform zu beurteilen. Eine Reihe von Genexpressionstechnologien kann von der Verwendung der ERCC ExFold RNA Spike-In Mixes profitieren, darunter die Sequenzierung der nächsten Generation (NGS ), Mikroarrays und PCR-basierte Assays. Microarrays müssen Sonden zur Abfrage der ERCC-Transkripte enthalten, um von der Verwendung der ERCC ExFold RNA Spike-In-Mixe profitieren zu können. Weitere Informationen erhalten Sie vom Hersteller der Arrays. Wichtigste Produktmerkmale:

Etablierung eines Standardmaßes für Datenvergleiche zwischen Genexpressionsexperimenten

Messung der Empfindlichkeit (untere Nachweisgrenze) und des Dynamikbereichs eines Experiments

Quantifizierung der differentiellen
Genexpression
Warum externe RNA-Kontrollen benötigt werden
Variationen in RNA-Expressionsdaten können auf eine Vielzahl von Faktoren zurückgeführt werden, darunter die Qualität des Ausgangsmaterials, der Grad der Zelldichte und RNA-Ausbeute, die verwendete Plattform und die Person, die das Experiment durchführt. Um diese Variabilitätsquellen zu kontrollieren, wurde vom External RNA Controls Consortium (ERCC), einer Ad-hoc-Gruppe akademischer, privater und öffentlicher Organisationen unter der Schirmherrschaft des National Institute of Standards and Technology, ein gemeinsamer Satz externer RNA-Kontrollen entwickelt. NIST ). Diese Kontrollen umfassen einen Satz unmarkierter polyadenylierter Transkripte, die einem RNA-Analyse-Experiment nach der Probenisolierung hinzugefügt werden, um Messungen gemäß definierten Leistungskriterien durchzuführen. Bis zur Einführung solcher generell akzeptierten Kontrollen war es schwierig, eine gründliche Untersuchung der fundamentalen analytischen Leistungsmetrik durchzuführen. Aus dem bewährten Markenangebot an RNA-Reagenzien sind nun die ERCC ExFold Spike-in-Mischungen kommerziell verfügbar. Dabei handelt es sich um gebrauchsfertige Gemische von 92 Transkripten, abgeleitet aus und rückführbar nach NIST-zertifizierten DNA-Plasmiden. Die Transkripte sind so konzipiert, dass sie 250 bis 2000 Nukleotide lang sind und damit natürliche eukaryotische mRNAs nachahmen.

Das Potenzial der RNA-Analyse ausschöpfen
Die RNA-Analyse, einschließlich Genexpressionsprofilierung und Untersuchung des gesamten Transkriptoms, kann zu einem besseren Verständnis der Expressionsmuster bei Krankheitszuständen führen und liefert tiefere Einblicke in biologische Signalwege und molekulare Mechanismen, die das Zellschicksal, die Entwicklung und den Krankheitsverlauf regulieren. Die traditionellen Methoden für RNA-Analysen, wie z. B. qRT-PCR und Microarrays, haben sich bewährt, werden nun jedoch durch die nächste Generation der Sequenzierung, eine digitale Alternative mit hohem Durchsatz, ersetzt. Da jede Methode mehrere Plattformen umfasst und der Bedarf nach Vergleichen verschiedener Proben auf Plattformen in der ganzen Welt besteht, ist ein Standardmaß für Datenvergleiche erforderlich geworden. Mit zunehmenden Möglichkeiten der RNA-Analyse wird die Notwendigkeit, eine standardisierte Sichtweise auf die Daten zu schaffen, noch wichtiger.

Mit ERCC ExFold RNA Spike-In Mixes lassen sich Ergebnisse mit bestätigter Genauigkeit erzielen und vergleichen.
Diese Mixe dienen der Erstellung einer standardisierten Basislinienmessung der RNA sowohl innerhalb eines Experiments als auch über mehrere Experimente hinweg, die mit verschiedenen Proben und Plattformen durchgeführt werden. Mit zwei Spike-in-Gemischen (siehe Abbildung) können verschiedene Messungen, wie z. B. die Empfindlichkeit und der dynamische Bereich, zur Bewertung verschiedener Parameter in einem Experiment oder bei mehreren Experimenten geprüft werden (siehe Abbildung). Darüber hinaus können mit einem hohen Maß an Verlässlichkeit mittels hochkonkordanter Beziehung zwischen ExFold RNA Spike-In 1 und ExFold RNA Spike-In 2 Fold-Change-Verhältnisse zwischen zwei Proben berechnet werden (siehe Abbildung). Die Messungen werden anhand bekannter molarer Konzentrationen für jedes Transkript in einem Spike-in-Gemisch und durch Kombination der Verhältnisse von 4 unterschiedlichen Untergruppen der 92 Transkripte bestimmt. Die Kontrollen eignen sich ideal für Sequenzierungsexperimente der nächsten Generation, wie zum Beispiel bei SOLiD™ System und unterstützte Mikroarray-Plattformen wie die Illumina™ Sentrix™ BeadChip.

Wählen Sie aus flexiblen Optionen für ERCC-Kit-Konfigurationen. Egal
ob Sie den dynamischen Bereich oder die Genexpressionsänderung messen möchten, ERCC Spike-In Control Mixes sind in zwei Kit-Konfigurationen erhältlich, um Ihren experimentellen Anforderungen gerecht zu werden. Verwenden Sie ERCC Spike-In Mix, um den dynamischen Bereich und das untere Detektionslimit Ihrer Plattform zu bestimmen, und verwenden Sie ERCC ExFold Spike-In Gemische zur Beurteilung der Genauigkeit differentieller Genexpressionsmessungen.

	ERCC RNA Spike-In Mix 1*	ExFold Spike-In Mix 1*	ExFold Spike-In Mix 2*	Nuklease-freies Wasser
ERCC RNA Spike-In Mix (Kat.-Nr. 4456740)	10 μL	—	—	1,75 ml
ERCC ExFold RNA Spike-In Mixes (Kat.-Nr. 4456739)	—	10 μL	10 μL	1,75 ml

*Obwohl ERCC RNA Spike-In Mix 1 und ExFold Spike-In Mix 1 die gleiche Zusammensetzung an ERCC-Transkripten enthalten, sollte ERCC RNA Spike-In Mix 1 nicht anstelle von ExFold Spike-In Mix 1 für die Fold-Change-Bestimmung verwendet werden. Verwenden Sie nur ExFold Spike-In Mix 1 und Mix 2 derselben Herstellungs-Charge.